日本の中等教育における部活動の問題点として、指導要領に明確な規定が存在していないという点が指摘されている。これまで部活動は生徒の自主的な活動と位置づけられ、教員による顧問もまた建前上は自主的な活動とされてきた。この結果、事実上は休日出勤であっても僅かな特殊勤務手当が支給されるだけで代休も取れないという状況が長年放置されてきた。
部活動が盛んな学校ともなると、顧問は休日の大半を部活動に当てることになり、年間で出勤しない日数が2週間も無いような教師も珍しく無かった(読売新聞記事「顧問の激務:訴え切実」)。
加えてこうした部活動の位置づけを理解していない保護者から、運動部の試合の敗戦の全責任を顧問が負わされるような事態も報告されるようになった。
こうした部活動の曖昧さを整理する取り組みとして、東京都は部活動を教育活動の一環と明文化して位置づけ、学校外の人材の顧問就任や各種手当の増額・出張旅費の支給・代休の取得など制度面の整備を進めている。
モラルの低下
特に運動部において、部員・顧問双方のモラル低下が指摘されている。
例えば、顧問・先輩部員による部員への暴力行為が挙げられる。これは「指導」という名の下で行われることがある。そうした暴行によって被害者が大ケガをした事例も報告されており、暴行罪、さらに相手にケガを負わせた場合は傷害罪が適用される可能性がある。
さらに悪いことに、暴力を受けた部員が、顧問や先輩部員からの報復や大会を控えたチームの和が乱れることを恐れて告発しないことが多く、そのため非常に陰湿なものになりやすい。表ざたになったときには既に手遅れになっていることが多い。
なお、明治大学応援団では、先輩部員が後輩部員に対して「鉄拳制裁」などと称して過剰なまでの暴力を振るっていたほか、下半身を露出させ熱湯や冷水を浴びせるなどの暴行を加えていた。被害者が自殺するに至り、同大学は応援団を廃部とした。
また、中学生、高校生部員による喫煙・飲酒問題なども問題となっている。最近では強豪・関東学院大学の元ラグビー部員が自らの吸引目的で大麻を栽培した事件を起こし有罪判決が出ている。
運動系・文化系におけるステレオタイプ
運動系と文化系とでは地域、学校によって状況が異なり必ずしも絶対というわけではないが、またアメリカ合衆国ほどの強烈さはないが(参照:ジョック)、文化系が運動系よりも下に見られる傾向が、日本にはまだ残っているのが現状である。根本には運動系は部活動が基本的に厳しく、運動するものは「礼儀正しい」「精神が強靱」という主観的概念が入る。文化系は試合や総体など、外部と『勝負』をするという機会がほとんどなく(全国コンクール大会などがある合唱部・吹奏楽部など幾つかの例外はあるが)、「なまけ者」「根暗」という否定的な印象を持っている中高年層は少なくない。そのため校内では、文化系の部員を見下す者も多い。
また、中学校・高等学校の年代では、特に男子生徒において「強靱な体力」「筋肉質」を求める傾向があり、それらを得るために暗黙で「運動部への入部」が常識とされる風潮がある(中には、生徒全員を(運動系)クラブ活動に強制的に入部させる中学校や高等学校も存在する。)[要出典]。
学校ごとの差異はあるが、圧倒的に運動部へ入部する生徒が多い学校もあり、そのような学校では、たとえ入りたい文化部があったとしても運動部を選ぶことが多い。そのため、同じ運動部の中でも練習の負荷が低い、特定の運動部に入部希望が集中することがある。
また一般的に、部活動に関連した大会・特に全国大会で活躍することは、生徒や顧問による学校や学校名のアピールにつながる。そのため生徒や顧問を紹介する場合に、「○○高等学校サッカー部」など、本来は課外活動であるはずの部活動の名称が、一種の肩書として用いられることが多い。
もっとも実際には、喫煙や飲酒・暴力行為などが運動部内などで起きるケースは決して少なくなく、例えば日本高校野球連盟において2005年度に審議した不祥事件数はじつに960件数にのぼることや2004年12月、国士舘大学サッカー部部員15人(いずれも退学処分)が15歳の少女へ集団淫行を加えた事件により、無期限活動停止処分を受けたなど「スポーツに打ち込む学生=爽やかな姿」といった神話は、とうに崩壊しているのが実情であるが、いまだにマスコミが「さわやかさ」を強調しているのも事実である。
地方部では未だに存在するが、運動系の部に所属していたという履歴があると、就職の際に有利に働く場合がある。また就職時に、男性では文化系のクラブ活動をしていたことを公表すると、逆に不利になる状況も一部にはある。
各国の部活動
通常日本では中学又は高校や大学・短期大学で同じ部活動を卒業まで行う事が多いが、英米などではシーズンごとに違った部活動に所属する。一年中同じクラブに所属する事はあまりないため様々な競技や文化体験ができる。他の欧米諸国やオーストラリア・ニュージーランドなどでは、学校での部活動が盛んではなく、地域のクラブチームに所属することが多い。オリンピック、サッカー等で一流選手を輩出しているのは地域のクラブチームが存在するためで、誰でも所属でき、中にはプロの選手も存在し高度な練習が行えるためである。
世界的に見ると、日本における学校での部活動というものは特異であると言える。
その他
中学・高校などで、どの部にも所属していない生徒は帰宅部と揶揄されることがある。
活動団体の例
運動系
球技系
野球(硬式野球、軟式野球)
テニス(硬式テニス、ソフトテニス)
バレーボール(ビーチバレー)
バスケットボール
サッカー(フットサル)
ラグビー
アメリカンフットボール
バドミントン
タッチフットボール
卓球
ソフトボール
ラクロス
ハンドボール
フィールドホッケー
アイスホッケー
水球
ゴルフ
ダイバ いそべ シーアル ミュート メドレー チェンジ プロミ らんぶー キンシ トラッ ライター リモート サモエー セーブル マットレス ピナツボ ママ 大莢種 ゾーン デーモン ラミネート かむかむ ユー わらび リュージュ ネーション ターバン プリス ザック ドラドン リロート かみのく トーク フェナ メンター マトン ステビア リペア スナップ ツイスト ズー シング おにぎり デタント ほくとし ファイ マダム セオリ フィット マガダ
ビリヤード
ボウリング
ゲートボール
武術・武道系
古武術・古武道
相撲
柔道
剣道
居合道
空手道
弓道・弓術
合気道
なぎなた
杖道
棒術
銃剣道・短剣道
少林寺拳法
日本拳法
太極拳
八極拳
少林拳
フェンシング
アーチェリー
格闘技系
レスリング
ボクシング
テコンドー
キックボクシング・ムエタイ
カポエイラ
野外活動系
水泳
スキー
スノーボード
ソリ(ボブスレー、リュージュ、スケルトン)
登山(山岳、ワンダーフォーゲル、ハイキング)
ボート競技
カヌー
ヨット
ウィンドサーフィン
サーフィン
ダイビング(スキューバダイビング、スキンダイビング)
ローラースケート
スケートボード
自転車
その他
陸上競技
スケート(フィギュアスケート、スピードスケート)
体操(体操競技、新体操、トランポリン)
ウエイトリフティング
パワーリフティング
エアロビクス
馬術
応援団・チアリーダー
航空部
ダーツ
ダンス